供销合作社实行全国供销合作社代表大会领导下的理事会、监事会制度（简称“三会”制度），全国供销合作社代表大会是最高权力机构，理事会是最高执行机构，监事会是最高监督机构。“三会”制度是党中央、国务院根据合作经济组织性质、为农服务宗旨和市场经济运行体制机制的要求，做出的制度性安排。